Con la capitulación del valle del río Andarax, Alhama fue reconquistada en 1489 por los Reyes Católicos, pasando a ser lugar del señorío de Don Gutiérrez de Cárdenas, familia del rey don Fernando, que le había prestado su apoyo en la Guerra de Granada.

Años más tarde, el 22 de septiembre de 1522 Alhama sufrió un terrible terremoto, que incluso llegó a secar sus fuentes. Este hecho, junto a la medida de expulsión de los moriscos adoptada por la Corona, produjo el total abandono del pueblo a partir de 1570, momento en que se inicia el apeo de Alhama la Seca, calificativo con el cual ha sido conocida entre los siglos SVI y SVIII.

Los datos referidos a este lugar de la taha de Marchena correspondientes a los siglos XVI y XVII relatan un panorama desolador. Tierras abandonadas, sequía continuada y cifras muy reducidas de su población.

Ante esta situación, el objetivo prioritario era poblarla de nuevo. Los primeros años del siglo XVIII, son fechas de consolidación y de progresivo crecimiento de su población. El auge del asociacionismo religioso que se produce en el transcurso del siglo es una muestra del valor que esta sociedad otorga a los aspectos espirituales y religiosos. Habrá que esperar a las últimas décadas del S. XIX para contemplar el resurgimiento de Alhama al amparo del desarrollo minero de la sierra de Gádor.